در سال 1989، دو شرکت سیلک ایر و نت ایر که دو شریک تجاری هم بودند، تصمیم گرفتند که با همکاری شرکت ایرلینگاس که شرکتی با فعالیت در زمینه ی ارائه ی پرواز های چارتر هم بود، شرکت خدمات هوایی و خدماتی پگاسوس ایرلایز رو تأسیس کنند. اولین پروازی که شرکت پگاسوس ایرلاینز انجا م داد، در تاریخ 15 آوریل سال 1990 با دو فروند هوای بوئینگ 400-737 انجام شد.
این شرکت در سال 1994 کلیه ی سهام خودش رو به یک شرکت ترکیه ای فروخت واین شرکت کاملا دارای تابعیتی ترکیه ای شد. در تمام این مدت هواپیمایی پگاسوس در حال گسترش خود بوده است. در سال 2005 این شرکت پس از انتصاب علی سابانجی به مدیریت خود، سیاست کاریش را از ارائه ی صرف هواپیمای چارتر به یک شرکت هواپیمایی ارزان قیمت تغییر داد و از این رو محبوبیتش در بین ایرلاینز های ترکیه ای بالاتر رفت.
همچنین مدت زیادی نگذشت که تعداد مسافرین این شرکت آن قدر بالا رفت که این شرکت هواپیماها و جت های مسافربری خود را افزایش داد و طی مدت کمی تبدیل به دومین شرکت هواپیمایی محبوب و معروف ترکیه شد.
یکی دیگر از افتخارات این شرکت هواپیمایی این است که، به عنوان اولین شرکت هواپیمایی ترکیه ای که هواپیمای ایرباس نئو320 را خریداری کرده است، شناخته می شود. شرکت پگاسوس در سال 2012 با خرید بخش قابل توجهی از سهام هواپیمایی قرقیزستان از ایر ماناس، موفق شد اولین هواپیمای خود را تحت عنوان پگاسوس آسیا در سال 2013 معرفی کند.
شرکت پگاسوس با ارائه ی سیستم low cost tickets، ضمن این که اولین ایرلاین ترکیه ای است که این سیستم را ارائه داده است، با استفاده از این سیستم هزینه های پذیرایی در هواپیما را حذف کرده و در عوض بلیط هواپیمای ارزان تری را به مسافرین خود ارائه می دهد.
پگاسوس از ایران به تمامی شهرهای ترکیه پرواز به صورت چارتر را نیز ارائه می دهد. استفاده از خدمات این شرکت هواپیمایی که بلیط به مقصد اروپا می خواهند مخصوصا ایرانی ها، بسیار به صرفه است و از این رو طرفدار در ایران نیز زیاد دارد.
می توان گفت که بیش از 90 در صد پروازهای پگاسوس از طریق فرودگاه بین المللی صبیحه گوکچن (Sabiha Gökçen Uluslararası Havalimanı) انجام می پذیرد. در حال حاضر پگاسوس به بیش از 97 مقصد در اروپا و خاورمیانه، پروازهای مسافربری و باربری انجام می دهد.
در بین شهر های ایران این هواپیمایی در حال حاضر تنها به تهران پرواز دارد. دفتر مرکزی این شرکت هواپیمایی در شهر استابول ترکیه واقع شده است. این شرکت در حال حاضر بیش از 60 فروند هواپیما و جت و مسافربری را در اختیار دارد.