کشور ژاپن در شرق آسیا قرار دارد و به وسیله دریایی با همین نام از ساحل شرقی قاره آسیا جدا شده است. روسیه، چین و جمهوری کره نزدیکترین کشورها به ژاپن هستند. مجمع الجزایر ژاپن از چیزی بیش از 6800 جزیره تشکیل شده است.
بیشتر این جزایر بسیار کوچکند و تنها 340 جزیره بیش از یک کیلومتر مربع وسعت دارند. 98٪ مساحت ژاپن از چهار جزیره به نام های هوکایدو، هونشو، شیکوکو و کیوشو تشکیل شده است. یوکوهاما و کوبه از مهم ترین بنادر ژاپن هستند.
از نظر زمین شناسی مجمع الجزایر ژاپن حاصل برخورد تدریجی صفحات تشکیل دهنده پوسته زمین، فعالیت های آتشفشانی و تغییرات حاصل از خطوط ساحلی اقیانوسی است. 68٪ مساحت کشور ژاپن کوهستانی است.
کوه های ژاپن از زیباترین جاذبه های طبیعی آن به شمار می روند. بلندترین قله کوهستانی ژاپن «فوجی» نام دارد که ارتفاع آن به 3776 متر می رسد. یک دهم کل آتشفشانهای جهان در ژاپن قرار دارند و به همین دلیل از زلزله خیزترین مناطق جهان به شمار می آید.
این کشور به دلیل موقعیت جغرافیایی خاص خود دارای 10 رودخانه بزرگ و 12 دریاچه است. کشور ژاپن به لحاظ منابع طبیعی، مواد معدنی و ثروت های زمینی و زیرزمینی از فقیرترین کشورهای جهان به شمار می آید.