رزین های تبادل یونی به صورت گسترده ای برای تهیه آب بدون یون با کیفیت بالا که عاری از هرگونه آلودگی باشد، بکار می روند، لکن درعمل ممکن است با مشکلاتی همراه باشند.یکی از مشکلات مرسوم و متداول آلودگی رزین تبادل یونی یا رزین های تعویض یونی میباشد. که در ذیل به شرح این آلودگی رزین ها پرداخته میشود:
آلودگی رزین به مواد آلی بسیاری از رزین های تعویض یونی تجاری در برخورد با یونهای معدنی با وزن مولکولی کم، بخوبی عمل نمی نمایند و در برخورد با مولکولهای سنگین آلی دچار مشکل میشوند.اصلی ترین مواد آلی محلول در آب، نمکهای اسید هیومیک هستند. گرادیان غلظت باعث نفوذ مواد آلی به قسمت مرکزی بدنه رزین آنیونی شده و علیرغم سرعت نفوذ کم مولکولهای درشت، این مولکولها در سراسر ساختمان رزین توزیع می گردند.
در جریان احیاء رزین، مولکولهای آلی به صورت ناقص حذف میشوند، چون گزینش پذیری رزین برای مولکولهای درشت آلی زیاد بوده و طول مدت احیا کمتر از مدت زمان نفوذ مولکول از داخل رزین است.رنگ رزین های آلوده به مواد آلی معمولاً سیاه می باشد، در حالی که رزین های سالم شفاف هستند. عموما" بوی آلاینده ها قابل تشخیص است.در این حالت چنانچه رزین با اسید یا آب نمک قلیایی تماس حاصل نماید، محلول رنگی حاصل خواهد شد.
آلودگی آهن عموما"مقدار زیادی آهن همراه با مواد آلی بر روی رزین های آنیونی جذب میشوند. از این رو ترکیبی از تمیز کردن آهن و مواد آلی می تواند به بهبود راندمان رزین کمک نماید.برای این منظور می توان از اسید کلریدریک 10٪ و یا محلول سدیم دی تیونیت استفاده نمود که باعث کاهش یون موجود و تبدیل به فرمیون آهن دو ظرفیتی که بیشتر محلول است میگردد.اگر شستشو با آب نمک قلیایی ادامه یابد، نتایج بهتری حاصل می گردد.