در کنار مسائل و مشکلات فنی، ایجاد یک بستر حقوقی مناسب و امن از جمله چالش های ایجاد پنجره واحد تجاری است. وجود ساز و کارهای حقوقی در چنین نهادی باعث افزایش تمایل سازمان ها و شرکت های تجاری به تجارت الکترونیکی و فعالیت بیشتر آن ها خواهد شد.
کشورهایی که خواهان استقرار پنجره واحد تجاری در کشورشان هستند باید ملزومات حقوقی این روند را مهیا کرده و به موضوعات حقوقی ای نظیر ابعاد حقوقی شناسایی و تأیید هویت صاحبان اطلاعات موجود در پنجره واحد تجاری، حمایت از حقوق مالکیت فکری، مسئولیت مدنی و کیفری، حریم خصوصی و قواعد حقوق رقابت نیز توجه خاصی داشته باشند.
شاید بزرگ ترین چالش ایجاد پنجره واحد تجاری در کشور ما، مشکلات ناظر بر اجرای این نهاد در سطح ملی است. تعدد دستگاه های ذیربط و تشتت آرا در خصوص نحوه ایجاد و پیاده سازی این طرح، بزرگ ترین مانع بر سر شکل گیری این نهاد است.
مجوزهای صادره از یک دستگاه یا وزارتخانه درخصوص یک حوزه فعالیت الزاماً در سطح کشوری قابل استناد نیستند که این موضوع مشکلاتی را برای صاحبان کسب و کاری که در حال توسعه فعالیت خود در شهرهای دیگر هستند، به وجود آورده است.
فرصت های پیش روی پنجره واحد
علیرغم طولانی بودن زمان پیاده سازی پنجره واحد تجاری، این پروژه مزایا و فرصتهایی را برای ذینفعان به همراه دارد: