برای تولید یک درخت فیلوژنتیک، دانشمندان اغلب بسیاری از ویژگی های گونه یا سایر گروه های درگیر را مقایسه و تجزیه و تحلیل می کنند. این ویژگی ها می تواند شامل مورفولوژی خارجی (شکل / ظاهر)، آناتومی داخلی، رفتارها، مسیرهای بیوشیمیایی، DNA و توالی پروتئین و حتی ویژگی های فسیل ها باشد.
برای ساختن درختان دقیق و معنی دار، زیست شناسان اغلب از بسیاری از ویژگی های مختلف استفاده می کنند. با این حال، درختان فیلوژنتیک فرضیه هستند، نه پاسخ های قطعی. زمانی که ساخته می شوند، می توانند به خوبی توضیح داده های موجود باشند.
درختان در طول زمان با در دسترس قرار گرفتن داده های جدید و اضافه شدن به تجزیه و تحلیل، تجدید نظر و به روز می شوند. این امر به ویژه امروزه صادق است، زیرا تعیین توالی DNA توانایی ما را برای مقایسه ژن ها بین گونه ها افزایش می دهد.
فیلوژنی (Phylogeny) یا تبارزایش به بررسی روابط بین گروه های متفاوت ارگانیسم ها و تکاملی آن ها میپردازد. فیلوژنی تاریخ تکامل و رشد موجودات کره زمین را بررسی می کند. این علم بنام فرضیه فیلوژنتیک معروف است. بر طبق آن موجودات زنده همگی جد مشترکی برای خودشان دارند. روابط بین موجودات به نام درخت فیلوژنتیک است.
روابط فیلوژنتیک با ویژگی مشترک آنها بین موجودات مشخص می شود. این روابط توسط مقایسه شباهت ژنتیکی و آناتومیک موجودات زنده مشخص می شود.
در فیلوژنی مولکولی، DNA را تجزیه و تحلیل کرده و از پروتئین ها برای بررسی روابط ژنتیکی موجودات استفاده می شود. در تحلیل پروتئین سیتوکروم سی که در میتوکندری سلول و در انتقال الکترونی و تولید انرژی نقش دارد. در جهت تعیین ارتباط ارگانیسم ها و شباهت توالی اسید آمینه در سیتوکروم استفاده میشود.