اصطلاح فیلوژنتیک، یا فیلوژنی، از دو کلمه یونانی باستان φῦλον (phûlon)، به معنای نژاد، دودمان و γένεσις (génesis)، به معنای منشا، منبع مشتق شده است.ارسطو فیلسوف یونانی تمایل به طبقه بندی موجودات زنده متعدد و متنوع زمین داشت. بیشتر سیستم های طبقه بندی مدرن مبتنی بر روابط تکاملی بین موجودات است. یعنی بر اساس فیلوژنی موجودات. سیستم های طبقه بندی مبتنی بر فیلوژنی، گونه ها یا گروه های دیگر را به گونه ای سازمان دهی می کنند. نشان دهنده درک ما از چگونگی تکامل آنها از اجداد مشترکشان باشد.
درخت فیلوژنتیک یک نمودار انشعاب یا درختی است. روابط تکاملی بین گونه های مختلف بیولوژیکی یا موجودات دیگر را بر اساس شباهت ها و تفاوت های ویژگی های فیزیکی یا ژنتیکی آنها نشان می دهد. تمام حیات روی زمین بخشی از یک درخت فیلوژنتیکی واحد است. نشان دهنده اصل و نسب مشترک است.
درخت فیلوژنتیک، همچنین به عنوان فیلوژنی شناخته می شود. نموداری است که خطوط تبار تکاملی گونه ها، ارگانیسم ها یا ژن های مختلف از یک اجداد مشترک را نشان می دهد. فیلوژنی ها برای سازماندهی دانش تنوع زیستی، برای ساختاربندی طبقه بندی ها، و برای ارائه بینش به رویدادهایی که در طول تکامل رخ داده اند مفید هستند. علاوه بر این، از آنجایی که این درختان از یک اجداد مشترک منشا می گیرند. از آنجا که بسیاری از قوی ترین شواهد برای تکامل به شکل نسب مشترک است، باید فیلوژنی ها را درک کرد تا به طور کامل شواهد گسترده ای را که از نظریه تکامل حمایت می کنند، بدرستی درک شود.
نمودار درختی از زمان چارلز داروین در زیست شناسی تکاملی مورد استفاده قرار گرفته است. بنابراین، ممکن است تصور شود که تا کنون، اکثر دانشمندان با تفکر درختی، خواندن و تفسیر فیلوژنی ها بسیار راحت بوده اند. با این حال، به نظر می رسد که مدل درختی تکامل تا حدودی غیرقابل درک است و به راحتی قابل درک نیست.
این ممکن است دلیلی باشد که چرا زیست شناسان تنها در چند دهه اخیر به درک دقیقی از درختان فیلوژنتیک دست یافته اند. این درک به محققان امروزی اجازه می دهد تا از فیلوژنی برای تجسم تکامل، سازماندهی دانش خود در مورد تنوع زیستی و ساختار و هدایت تحقیقات تکاملی در حال انجام استفاده کنند.