گیاهان اصلاح شده ژنتیکی با داخل کردن مواد ژنتیکی از گونه های مختلف ایجاد می شوند، بنابراین برخی خصوصیات ویژه را به آنها منتقل می کنند. ژن های موجود در گونه های مختلف به روش های مختلفی می توانند در گیاه خاص وارد شوند. معمولاً تولید گیاهان تراریخته نسبت به حیوانات تراریخته آسان تر است. در گیاهان، هیچ تفاوتی بین سلول های جسمی (یا بدنی) و جوانه ای (یا جنینی) وجود ندارد، و از این رو ژن ها را می توان به راحتی در سلول ها و بافت های جسمی وارد کرد و گیاهان تراریخته یا اصلاح شده ژنتیکی را تولید کرد.
پیش از این، یک رقم جدید گیاهی حاوی ژن های دو گونه مختلف، با استفاده از هیبریداسیون یا بار آوری متقابل ایجاد شده است. با این حال، چنین بار آوری ای بین دو گونه مرتبط انجام شد. اما فناوری زیستی مدرن و مهندسی ژنتیک به ما این امکان را داده است که مواد ژنتیکی را نه تنها از یک گونه مرتبط، بلکه از یک گونه بی ارتباط، با هم یکی کنیم تا گیاهان اصلاح شده ژنتیکی ایجاد کنیم. ذرت Bt، پنبه Bt و برنج طلایی نمونه های متداولی از گیاهانی هستند که از این طریق ایجاد می شوند.
با این حال، طرفداران گیاهان تراریخته یا مهندسی ژنتیک این ادعا را رد کرده اند. آنها بر این عقیده هستند که گرده ذرت Bt بر روی برگ های استبرق ممکن است به چنان سطح غلیظی نرسد که بر جمعیت پروانه های ملکه تأثیر بگذارد.
خطرات مرتبط با توسعه گیاهان تراریخته موضوعی بحث برانگیز است. برای برطرف کردن این اختلافات، مطالعات و تحقیقات خاص بیشتری لازم است تا مصرف کنندگان بتوانند حقیقتِ راجع به گیاهان و مواد غذایی تولید شده با مهندسی ژنتیک را دریابند. جدای از این ها، برخی از ملاحظات اخلاقی با تراریخته شدن نیز همراه است، که باید به درستی مورد توجه قرار گیرد.
اما از آن جا که به نظر می رسد بسیاری از مخالفانِ فناوری گیاهان تراریخته کمپانی ها و فروشندگان سموم دفع آفات هستند، ظاهراً ملاحظات حفظ منافع اقتصادی نیز همراه با این مخالفت هاست. و اصولاً می توان گفت که فرایند طبیعی تکامل، خود همراه با نوعی تداخل های ژنتیکی نیز بوده و هست بدون این که مشکل حاد غیر قابل رفعی در محیط زیست ایجاد شده باشد.