علاوه بر یون های مثبت، یون های منفی نیز می توانند تشکیل شوند. روش های دیگری معروف به روش های یونش مایع (نظیر بمباران با اتم های شتاب دار) برای آنالیز ترکیبات با جرم مولکولی بالا به کار می روند، همچنین برای وارد کردن نمونه های آبی از ترکیب روش های یونش مایع با کروماتوگرافی مایع نظیر پاشش حرارتی و پاشش الکترونی (ES) استفاده می شود. با یونش پاشش الکترونی ترکیبات فهرست شده قطبی با جرم مولکولی بالا نظیر توکسین ها-که یونش آن ها با شیوه های یونش سنتی فاز گازی (یعنی EI و CI) غیر ممکن است-یونیزه می شوند.
انالیزگر جرمی
در قسمت آنالیزگر جرمی، یون های تشکیل شده در منبع یون ساز در یک میدان مغناطیسی یا میدان الکتریکی از هم جدا می شوند. طیف سنج های جرمی معمولا بر حسب روش جدا شدن یون ها در قسمت آنالیزگر طبقه بندی می شوند. متداول ترین ساختار ها برای قسمت انالیزگر جرمی عبارتند از:
راه حل دیگر برای آنالیز یون ها آشکارساز تله یونی است که در روش جداسازی یون ها قبلا در منبع یون صورت می گیرد. نوع و کیفیت آنالیزگر یونی خصوصیات دستگاه نظیر گستره جرمی، سرعت اسکن و قدرت تفکیک را تعیین می کند.
آشکارساز
آشکارساز ساده ترین قسمت دستگاه mass spectrometry است که در آن یون ها به یک سیگنال الکتریکی تبدیل می شوند
سیستم داده ها
در قسمت سیستم داده ها، طیف جرمی حقیقی ( نمودار تغییرات نسبت جرم به بار بر حسب شدت) حاصل می شود، در این قسمت اطلاعات حاصل از آنالیزگر (مقیاس جرمی) با اطلاعات حاصل از آشکارساز ( شدت های یونی) ترکیب می شود. طیف سنجی جرمی تکنیک بسیار سریعی است به طوری که یک طیف جرمی کامل را می توان در کمتر از یک ثانیه به دست آورد. عموما چندین هزار اسکن ثبت شده است و در سیستم های ذخیره و کتابخانه ی دستگاه ذخیره می شود. سیستم داده ها علاوه بر کسب داده، کارهای زیر را نیز انجام می دهد:
mass spectrometry به دلیل حساسیت و انتخاب گری در حال حاضر مناسب ترین تکنیک برای آنالیز ترکیبات فهرست شده می باشد. معمولا مقادیر نانوگرم از مواد برای به دست آوردن طیف جرمی کافی است. از ترکیب طیف سنجی جرمی با کروماتوگرافی گازی (GC-MS) به عنوان یک روش جداسازی، مخلوط های بسیار پیچیده را در چند ساعت می توان آنالیز نمود.