از محدودیت های این روش، مانند سایر فرایندهای مکانیزه، برای قرار دادن تجهیزات و قطعات جوشکاری به قید و بندهای زیادی نیاز است. مشابه سایر فرایندهایی که در آنها از پوشش جامد استفاده می شود، سطح نهایی جوش، لایه ای از سرباره منجمد شده دارد که بایستی برداشته شود. چنانچه متغیرهای جوشکاری به طور مناسبی تنظیم نشده باشد، روند جوشکاری به گونه ای پیش خواهد رفت که جدا کردن سرباره دشوار خواهد شد.
آخرین محدودیت مربوط به پودر محافظ است که قوس را حین انجام جوشکاری می پوشاند. اگرچه این محدودیت موجب حفاظت از جوشکار یا اپراتور جوشکاری می شود ولی امکان دیدن قوس و محدوده کاری را کاملاً از بین می برد.
در روش های مکانیزه معمولاً توصیه می شود که قبل از انجام جوشکاری پس از تنظیم دستگاه و موقعیت قید و بندها یک بار در طول مسیر خط جوش مشعل جوشکاری تا انتهای قطعه به حرکت درآید تا مسیر قبل از اجرای عملیات جوشکاری کنترل شده باشد. چنانچه قوس برقرار شده در جوشکاری مستقیم هدایت نشود، می تواند منجر به بروز عیب ذوب ناقص در قطعه شود.
از دیگر محدودیت های موجود ذاتی این فرایند هنگام استفاده از پودرهای دانه بندی شده، مشابه الکترودهای SMAW کم هیدروژن، مراقبت در برابر هیدروژن است. در این حالت بایستی پودر جوشکاری کاملاً در برابر ورود رطوبت و هیدروژن حفاظت شود. ممکن است نیاز باشد که بسته های پودر جوشکاری قبل از استفاده در محل نگهداری (انبار) درون محفظه های گرمایی نگهداری شوند. چنانچه پو درها نمدار باشند، می تواند منجر به ایجاد حفرات در جوش و ترک های زیر لایه ای شود.
یکی از مشکلات ساختاری این فرایند بروز ترک های انجمادی است. این عیب زمانی رخ می دهد که شرایط قطعه جوشکاری به گونه ای باشد که نسبت پهنا به عمق نفوذ زیاد باشد. در این شرایط اگر نسبت پهنای هر لایه از جوش نسبت به عمق نفوذ خیلی زیاد باشد یا به صورت عکس اتفاق بیفتد، ترک های ناشی از انقباض در مرکز خط جوش حین انجماد منطقه مذاب ممکن است به وجود آید.