نبود امکانات و یا غیراستاندارد بودن ظرفیت ذخیره سازی غلات در سامانه و فرآیند تولید آن، موجب خلاها، نقایص و کمبودهایی در این سیستم شده و این معضلات به صورت هزینه ها بر دوش دولت ها سنگینی می کند و بخش دیگری بر سایر عوامل مانند بخش خصوصی به ویژه بهره برداران گندم کار و در نهایت کلیه مصرف کنندگان تحمیل می شوند.خسارت های ناشی از فقدان الگوی مناسب ذخیره سازی به سه شکل کلی به صورت زیر بروز می کند:
برای اجتناب از این خسارت ها، رعایت شرایطی لازم است. این شرایط عبارتند از:
متاسفانه مطالعه و بررسی سازه های احداث شده، حاکی از عدم رعایت اغلب شرایط ذکر شده است. این معضل، در واقع دلیل اصلی بروز سنتی بودن ذخیره سازی غله و نبودن دیدگاه کارشناسی اقتصادی است.به طور کلی در الگوی بهینه اقتصادی و مکان یابی طرح ها، سه رده تشکیلاتی و کلی ذخیره سازی به شرح زیر معرفی شده است:
ذخیره سازی اولیه به منظور اصلی تنظیم ورودی با نرخ گیرش طرح های ذخیره سازی صورت می گیرد. ذخیره سازی حد واسط به منظور بهبود کیفیت و ذخیره احتیاطی و تامین امنیت سیاسی، اجتماعی و اقتصادی و تنظیم بازار صورت می گیرد. ذخیره سازی نهایی به منظور تنظیم خروجی و تنظیم ورودی متناسب با نرخ گیرش کارخانه های آرد صورت می گیرد (این رده از نظر اقتصادی باید جزیی از خدمات کارخانه های آرد باشد)
مزایای ذخیره سازی اولیه، متعدد هستند. ترویج ذخیره سازی سرمزرعه می تواند آثار زیر را در بر داشته باشد.
برای کشاورز به محض آمادگی برداشت، فضای ذخیره سازی لازم در دسترس قرار می گیرد.انعطاف پذیری و قدرت چانه زنی کشاورز در فصل برداشت افزایش می یابد. با توجه به این که در کشور ما بازار در انحصار دولت است، این انعطاف پذیری کمتر ظهور پیدا می کند.آمادگی لازم برای نگهداری یکسان غله با مدیریت صحیح و افزایش کیفیت محصول و بالابردن ارزش افزوده.
کاهش هزینه های حمل و نقل گندم از مزرعه به سیلوها در زمان غیر برداشت.امکان برداشت سریع تر محصول و جلوگیری از ضایعات ریزش دانه روی زمین و یا خسارت های احتمالی حیوانات و پرندگان، حوادث طبیعی و غیرطبیعی.نقش مکمل برای سیلوهای متمرکز و تجاری به منظور جداسازی انواع دانه در مورد تقاضای مشتریان و همچنین تمهید و تسهیل اختلاط انواع دانه معین در سیلوهای تجاری و متمرکز
کاهش بار سرمایه گذاری دولت در ساخت ظرفیت ذخیره سازی.
در سال های اخیر ساخت سیلوهای بخش خصوصی به منظور کاهش فشار تجمیع غله در فصل خرید انجام شده است. ترویج ذخیره سازی سر مزرعه قدمی در راه خصوصی سازی هزینههای ساخت طرح های ذخیره سازی خواهد بود.ریسک نگهداری و کیفیت برای کشاورز کاهش می یابد.محل های ذخیره سازی تجاری و متمرکز حدواسط و نهایی گندم عموما شامل موارد زیر است که با توجه به شرایط آب و هوایی، موقعیت جغرافیایی، وضعیت اقتصادی، سیاستهای کشاورزی و روش و نوع ذخیرهسازی باید انتخاب و مورد توجه قرار گیرد.