مواد آلی موادی از قبیل بقایای گیاهی و کود حیوانی می باشند. این مواد بسیاری از خواص فیزیکی، بیو لوژیکی، و شیمیایی خاک را تحت تأثیر قرار می دهند. برخی از این خواص شامل ساختمان، ظر فیت نگهداری آب، حاصلخیزی، فعالیت های بیولوژیکی و هوا دیدگی می باشد. مواد آلی ای که در مرحله پوسیدگی است هوموس نام دارد.
هوموس ماده ای است تیره رنگ و چسبناک که آب را نگهداری می کند و منبع غذایی بسیار خوبی برای گیاه است. صرفنظر از بافت خاک، مواد آلی خاک معمولاً با قابلیت استفاده از آب رابطه مثبتی دارد.مواد آلی جرم مخصوص ظاهری خاک را کاهش داده و هم آوری خاک را افزایش می دهد. بنابراین بهبود قابل توجهی بر ساختمان خاک و نفوذ آب دارد. یک ساختمان خوب خاک، به ریشه گیاهان اجازه می دهد که تا به اعماق بیشترپروفیل خاک رسوخ کنند.
بدین معنا که ریشه را قادر به دستیابی به منبع رطوبت بیشتر خاک می کند. این به گیاهان کمک می کند تا مدت زمان طولانی تری را در مقابل آب و هوای خشک و حتی خشکسالی مقاومت کنند. نظام های زهکشی سفالی زیر سطحی نیز شرایطی را که ساختمان مناسب خاک را نگهداری می کند، ارتقا داده و نفوذ آب به خاک را افزایش می دهد.
تولید مفرط محصول، اغلب، مواد آلی کمی را به خاک باز برمی گرداند. البته، روش هایی برای نگهداری یا افزودن مقدار مواد آلی، وجود دارد. که این روش ها شامل پخش کردن کمپوست یا کود دامی، خاکورزی کمینه، کود دهی سبز و انجام تناوب مناسب در کشت می باشد.
در طی تجزیه شدن کود دامی یا کمپوست، مقدار مواد غذایی به هوموس خاک افزوده می شوند. کمپوست، ماده ای آلی است که تحت شرایط هوازی کنترل شده؛ به یک فرم مناسب، تجزیه شده است. همچنین کمپوست با سرعتی کم-در حدود سرعت ( اثر) کود ها-اثر می کند.استفاده از کاه به عنوان تأمین کننده کربن در مخلوط کمپوست، می تواند از کاربردهای عمده آن باشد. تا نسبت کربن به نیتروژن را در حدود 30 مناسب نگه دارد.